洁净实验室通风与舒适性空调系统的通风设计要求不同，主要目的是提供安全、舒适的工作环境，减少人员暴露在危险空气下的可能。通风主要解决的是工作环境对实验人员的身体健康和劳动保护问题。

洁净实验室通风要求新风全部来自室外，然后100%排出室外，通风柜的排气不在室内循环。化学洁净实验室换气要求每小时大于10次，物理洁净实验室每小时大于10次，洁净实验室无人时换气可减少为6次。洁净实验室通风柜设计数量要足够，并且不作为唯一的室内排风装置，仪器室或产生危险物质的仪器上方设局部排风系统。

洁净实验室的补风一部分来自空调系统直接送入洁净实验室的新风，这部分新风根据洁净实验室排风量的变化而变化;另一部分通过空调系统送入非洁净实验室区域的走道、房间再通过洁净实验室的门缝补给。洁净实验室的负压通过送、排风风量和送排风口的布置来实现，气流组织从办公、管理用房、内走道、到产生危险物质的实验房间。通风柜的位置布置在远离空气流动、紊流大的地方，远离行走区域和空气新风区。新风从远离通风柜的方引入，空气流动路径远离通风柜。

通风系统会受到洁净实验室内部通风柜操作、进出洁净实验室等影响，受到影响后的通风效果会絮乱，这样的环境会有很大的安全隐患，没法正常的保护人员与标本安全，所以在洁净实验室通风效果控制上我们也要考虑众多因素，排除安全隐患。